En el desarrollo de su quehacer, CODACOP hace especial énfasis en tres grupos temáticos, los que se sustentan en la discusión teórica permanente, en la búsqueda metodológica pertinente y en la contrastación fáctica y conceptual en y con los procesos y comunidades que se acompañan. Dichos énfasis temáticos son los siguientes:

• Género, Desarrollo y Cultura
• Democracia y Gobierno del territorio
• Derechos Humanos y Resistencia